Acto 1
Transcurre en Nagasaki, a finales del siglo XIX o principios del XX.
Mientras está destinado a bordo del navío USS Abraham Lincoln , F. B. Pinkerton, oficial de la marina estadounidense por intermedio del casamentero Goro consigue a la quinceañera Cio-Cio-San en matrimonio.
Para Cio-Cio-San ( Madama Butterfly, Señorita Mariposa) es un casamiento de por vida, pero para Pinkerton sólo una aventura fuera de su país. Durante el casamiento el tío bonzo (monje budista) de Butterfly aparece y la maldice por traicionar las costumbres niponas. Su familia entonces la reniega.
Butterfly y Pinkerton tienen su apasionada, primera noche de amor (dúo Vogliatemi bene)
Acto 2
Pinkerton ha regresado a Estados Unidos prometiendo retornar. Butterfly y su criada Suzuki lo esperan inútilmente, Butterfly confía en que volverá (aria Un bel dí vedremo).
El cónsul americano llega con la noticia que Pinkerton no lo hará y Butterfly destrozada le muestra el hijo que ha nacido en su ausencia y que las dos han criado con la esperanza del retorno.
El cónsul promete informar a Pinkerton del asunto y aconseja a Butterfly que vuelva a casarse con Yamadori, un príncipe que la pretende.
Suena el cañón del puerto informando que atraca un navío, es el barco de Pinkerton y Butterfly renace esperanzada.
Las dos mujeres y el niño se preparan a esperar su llegada (Coro a boca cerrada).
Acto 3
Pinkerton ha regresado sólo de visita al Japón con su legítima esposa norteamericana Kate. Al enterarse de la existencia del hijo deciden recogerlo para criarlo en los Estados Unidos.
la desolada Butterfly se lo entrega no sin antes despedirse (Tu piccolo Iddio).
Luego se retira a sus habitaciones y comete seppuku (suicidio ritual japonés).
En el desgarrador final, la geisha moribunda siente la voz de Pinkerton llamándola "Butterfly....Butterfly!".
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